Le microbiote est l’un des sujets les plus brûlants en microbiologie et en médecine, avec un avenir passionnant lié à la médecine de précision. Il a également donné naissance à de nombreux livres à succès et à de nombreux battages médiatiques. Ignacio López-Goñi, professeur de microbiologie à l'Université de Navarre, vient de publier « Microbiote et santé mentale » (La Esfera de los Libros), un livre dans lequel il explique de manière informative comment les millions de microbes présents dans l'intestin influencent le cerveau. Auteur du blog Microbioblog.es, López-Goñi défend que « la science qui n'est pas racontée ne compte pas » et est un expert dans la « métabolisation » même des recherches les plus réfléchies sur les connaissances accessibles. Ne vous attendez pas à des conseils cliniques ni à une succession de directives nutritionnelles : López-Goñi n'est ni médecin ni nutritionniste, mais microbiologiste, et face à la surexcitation autour du microbiote, il apporte prudence et rigueur. « Nous sommes à l'âge de pierre de tout ce sujet, pas à l'âge d'or – précise-t-il -. Bien que le nombre de publications augmente et que le microbiote soit de plus en plus lié à davantage de maladies, y compris aux maladies mentales et même au cancer, nous en sommes aux premiers pas », souligne-t-il.
–Pourquoi a-t-il fallu si longtemps pour savoir que les microbes présents dans l’intestin sont si nombreux et si importants ? Quelle est l’avancée scientifique qui a permis cette connaissance ces dernières années ?
–Nous savons depuis plus de cent ans qu’il existe des microbes qui affectent la santé. Mais effectivement, ces dernières années, ce qui a changé, ce sont les technologies. Avant, nous, microbiologistes, cultivions des bactéries en laboratoire, dans des boîtes de Pétri, et nous voyions ce qui y poussait. Avec les nouvelles techniques de métagénomique, dans lesquelles on peut extraire tout l'ADN et le séquencer, nous avons découvert, pour ainsi dire, la « matière noire » du monde microbien, le nombre de micro-organismes dont nous ignorions l'existence. Pour beaucoup d’entre eux, nous n’avons pas la technologie nécessaire pour les cultiver et les isoler en laboratoire, mais au moins nous savons qu’ils sont là. Comme? Avec une phrase comme « dans un endroit de La Mancha », nous pouvons deviner l'auteur et le titre du livre, nous n'avons pas besoin de le lire. Eh bien, les micro-organismes ont une sorte de signature génétique grâce à laquelle nous savons déjà qui est là. Ces nouvelles technologies métagénomiques nous ont permis de découvrir l’intégralité du microbiome.
– Pour qu’il y ait une relation entre le microbiote et la santé mentale, il doit y avoir une connexion intestin-cerveau. On croyait auparavant que le cerveau était complètement isolé des microbes par la barrière hémato-encéphalique. Cette barrière n’est-elle pas aussi imperméable qu’on le croyait auparavant ?
–D'une part, avec l'âge, cette barrière peut s'affaiblir, c'est pourquoi certaines maladies mentales sont plus fréquentes, comme la maladie d'Alzheimer ou même la maladie de Parkinson. Mais nous constatons également que de nombreux microbes intestinaux peuvent activer toute une voie d’inflammation chronique, persistante, continue et généralisée, qui affecte non seulement la perméabilité de l’épithélium intestinal, mais également de la barrière hémato-encéphalique. Cela peut favoriser le passage de substances toxiques, issues du métabolisme des micro-organismes et même de certains micro-organismes. Par exemple, l'ADN de certaines bactéries a été détecté dans le cerveau de personnes atteintes de la maladie d'Alzheimer, comme le porphyromonas, qui est un agent pathogène oral, ou de certains virus, comme l'herpès.
–La voie de communication entre l’intestin et le cerveau est-elle connue ? Le nerf vague ?
–En effet, il existe un chemin de communication bidirectionnel qui relie directement le cerveau à l’intestin. On ne peut pas couper le nerf vague d'une personne pour voir ce qui se passe, parce que le nerf vague est tout sauf vague (rires), il contrôle beaucoup de choses. Et puis il existe de nombreux produits du métabolisme des bactéries intestinales qui peuvent finir par affecter le cerveau : des neurotransmetteurs comme la sérotonine – dont 90 % est produite au niveau intestinal – et aussi la dopamine. Il existe des preuves que le microbiote intestinal est lié au métabolisme du tryptophane. La sérotonine est générée à partir du tryptophane et la mélatonine est générée à partir de la sérotonine. Ces hormones peuvent avoir un effet sur les fonctions cérébrales. Des acides gras à chaîne courte sont également produits, dont on sait qu'ils stabilisent la barrière intestinale et la barrière hémato-encéphalique, et qui sont en général liés à une bonne santé. Elle est également induite dans le microbiote, via le système immunitaire, pour contrôler l’inflammation. Et de nombreuses maladies, également mentales, sont liées à l’inflammation.
–L’inflammation est aussi à la mode, tout comme le microbiote.
–Avec l’âge, nous rouilleons et devenons enflammés. L’inflammation en soi n’est pas mauvaise. Lorsque nous avons une blessure, elle s’enflamme, ce qui signifie que toutes les cellules de notre système immunitaire et nos anticorps s’y rendent et contrôlent cette infection. Mais si cette activation est constante et chronique, certaines fonctions peuvent être endommagées. C'est pourquoi il existe de nombreuses maladies liées au processus inflammatoire. Et le microbiote y est pour quelque chose. Le problème est qu'on ne sait pas si c'est une cause ou un effet : est-ce la maladie qui provoque le problème du microbiote ou est-ce le dysfonctionnement du microbiote, la dysbiose, qui provoque la maladie ? Nous voyons qu’il existe une corrélation, mais probablement pas un lien de causalité. Mais, dans la mesure où nous comprendrons de mieux en mieux quels sont les mécanismes moléculaires qui la sous-tendent, nous aurons une plus grande capacité de diagnostic précoce, de traitement et même, pourquoi pas ?, de guérison de certaines maladies.
–Quels types d’aliments tuent ou appauvrissent le microbiote ?
–De nombreuses études ont été réalisées sur l’alimentation et le microbiote. Et la conclusion est qu’un microbiote sain, riche et diversifié en micro-organismes passe par une alimentation saine. Et qu’est-ce qu’une alimentation saine ? D'un côté, les fibres, les polyphénols, qui donnent de la couleur aux fruits et légumes, et les probiotiques naturels : kéfir, yaourt… Le microbiote préfère les protéines végétales aux protéines animales, et surtout ce qu'il n'aime pas, car il réduit cette diversité, ce sont les aliments ultra-transformés, les excès de sucre et de sel, et les toxines, c'est-à-dire le tabac et l'alcool.
–Qu’est-ce qui favorise ce microbiote « sain » ?
–Une alimentation riche en légumes, fruits, céréales complètes, huile d’olive, fruits à coque, probiotiques, avec du poisson et de la viande blanche, et en évitant les aliments ultra-transformés. Et de quel régime s'agit-il ? Eh bien, la Méditerranée, qui n'est pas seulement la nourriture, mais aussi la façon de la cuisiner : on sait que ce n'est pas la même nourriture si on la prépare frite, cuite ou cuite au four. Et j'ajouterais autre chose. Le régime méditerranéen est aussi un mode de vie sain qui consiste à manger en groupe. Certaines études montrent que la vie méditerranéenne, associée à un mode de vie sain, réduit le stress et la dépression. Tout est lié : l’alimentation, le microbiote, l’intestin et le cerveau.
–J'allais vous poser des questions sur María Branyas, la Catalane décédée à l'âge de 117 ans et qui disait qu'elle mangeait trois yaourts par jour.
–Nous savons depuis cent ans que les aliments probiotiques sont plus sains, mais je dis toujours qu’en prenant des probiotiques, vous ne vivrez pas plus longtemps ni ne serez plus heureux. María Branyas a dit qu'elle avait vécu longtemps et qu'elle avait été très heureuse. Ils ont étudié sa génétique, ses protéines, son métabolisme et son microbiote, qui ressemblait davantage à celui d’une jeune personne : il était enrichi de ces bactéries saines qui produisent, dit-on, des neurotransmetteurs et des acides gras à chaîne courte, et il contenait moins de bactéries pro-inflammatoires. Elle a dit qu'elle buvait trois yaourts par jour d'une marque catalane, je ne me souviens plus laquelle, qui était épuisée au bout de trois jours. Tout le monde disait : « bon, ça y est, je mange du yaourt ! »
– Et ce n’est pas le message…
–Le message est double. D’une part, votre corps garde un souvenir de tout ce que vous avez mangé, bu et fumé auparavant. Les yaourts et les probiotiques ne sont pas miraculeux, mais il est vrai que María Branyas avait une génétique et un mode de vie particuliers. Les probiotiques sont un excellent complément à une alimentation saine, mais si vous absorbez d'autres choses et buvez ensuite tous les yaourts, eh bien, mon garçon… Quand je parle de probiotiques, je fais référence au yaourt, au kéfir, aux aliments fermentés… Je ne parle pas de pilules, car cela dépend de beaucoup de choses, de quel probiotique il s'agit, de votre propre microbiote… Quand ils disent que ces suppléments fonctionnent… eh bien, cela dépend, certaines personnes le font et d'autres non.
–Il y a quelques jours, Robert Kennedy Jr. a déclaré que la schizophrénie pouvait être guérie grâce à un régime alimentaire grâce au microbiote. Nous ne sommes pas intéressés par ça, n'est-ce pas ?
–Non, nous ne sommes pas là-dedans. Une chose est que nous avons maintenant une approche plus holistique de la santé humaine, que nous voyons que tout influence et que nous devons inclure un nutritionniste dans de nombreuses équipes médicales car nous réalisons de plus en plus que la nutrition est essentielle à la santé, non seulement pour ne pas être gros et ne pas souffrir de diabète, mais pour de nombreux aspects, y compris mentaux. Mais c’en est une autre de penser que nous allons guérir ce type de maladies avec l’alimentation. Peut-être pouvons-nous améliorer la qualité de vie de certains de ces patients, mais affirmer maintenant que d'autres traitements ne sont pas nécessaires parce que nous pouvons guérir toutes ces maladies avec l'alimentation, ainsi que l'autisme, n'a aucun fondement.
–Dans le futur, dans plusieurs décennies, pourraient-ils nous proposer un « menu » personnalisé de bactéries pour optimiser notre microbiote ?
-Je pense que oui. J'aime rêver. De la même manière qu'il y a 20 ans, ils nous ont annoncé qu'ils allaient séquencer le génome et examiner certains gènes pour personnaliser le traitement du cancer, et c'est aujourd'hui chose faite. Les oncologues ne parlent plus de cancer du sein, mais de cancers du sein, et en fonction de votre génétique ils personnalisent votre traitement. Cela nous paraissait de la science-fiction il y a 20 ans. Eh bien, de la même manière, nous pouvons penser que d’ici 20 ou 30 ans, ils analyseront non seulement nos génomes, mais aussi notre métabolisme, notre système immunitaire et notre microbiote, probablement en temps réel, ce que nous ne pouvons pas faire actuellement. Peut-être pourront-ils personnaliser un certain type de probiotique.
-Comme?
–Ils iront dans un rayon, prendront certaines bactéries et levures, voire certains virus, et ils prépareront un cocktail adapté à notre maladie. Il est probable qu’à l’avenir, elle entrera dans ce qu’on appelle la médecine personnalisée de précision. Avec un peu de chance. Il y a très peu d’années, vous parliez du microbiote à n’importe quel médecin et il ne savait pas de quoi vous parlez. Aujourd’hui, nous constatons que cela influence non seulement les maladies nutritionnelles, métaboliques ou digestives, mais aussi les maladies mentales ou même le traitement du cancer. Cela ne veut pas dire, comme pourrait le dire Kennedy, que nous allons guérir le cancer avec un régime. Mais on sait que la façon dont une personne répond à certains traitements, par exemple l’immunothérapie, dépend de son microbiote. Nous pouvons donc améliorer ces traitements, toujours de manière complémentaire.
– Il est dit dans le livre que la transplantation fécale est déjà pratiquée – même si vous préférez l’appeler bactériothérapie, parce que ça sonne mieux –, avec certaines bactéries. Peut-on ainsi progresser dans la lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques ?
–Oui, probablement. Pour le moment, la seule chose pour laquelle il fonctionne efficacement est l'infection par Clostridium difficile. Le reste est au niveau expérimental, mais peut-être que dans le futur, plutôt qu'une greffe fécale, qui semble si mauvaise, on pourra faire une greffe synthétique : au lieu de prendre tout ce qu'il y a, je vais transplanter une certaine collection de micro-organismes déjà connus. Il existe des études pour certaines maladies dans lesquelles on constate qu'il existe un certain lien entre le microbiote intestinal et le microbiote vaginal et oral. On peut intervenir dans un microbiote, obtenir des effets dans un autre et ainsi guérir un autre type de maladie ou d'altération. Par exemple, dans le traitement d’une infection contre Clostridium Grâce à la transplantation fécale, il y a eu des cas dans lesquels certaines infections urinaires se sont également améliorées.
Abonnez-vous pour continuer la lecture
