L'IA a réussi à écrire de petits génomes fonctionnels des « meurtriers de bactéries »: ils devaient mettre en action un virus qui a mis fin aux bactéries d'Escherichia coli dans un contexte de laboratoire. Ce pourrait être la première étape d'un changement profond: l'arrivée des « agents thérapeutiques » de l'IA conçus en fonction de chaque besoin spécifique.
Une équipe de l'Arc Institute de Palo Alto, aux États-Unis, prétend avoir franchi une étape historique: la conception avec l'intelligence artificielle (IA) des génomes complets capables de produire des virus de bactériophage fonctionnels. Ceci est indiqué et les détails d'une étude publiée dans Biorxiv.
Concevoir des génomes personnalisés
Les chercheurs ont formé des modèles génératifs, que Evo a appelés, à écrire des séquences du génome complètes, puis à synthétiser certaines de ces conceptions en laboratoire, où ils ont réussi à générer des particules virales capables de reproduire et d'éliminer les bactéries.
Le processus a combiné des modèles de langage formé avec des milliards de paires de bases de génomes, une sélection de calcul et un dépistage expérimental. En tant que modèle pour l'IA, ils ont choisi φx174, un microfago historique de seulement 5 386 nucléotides et qui code onze gènes, suffisamment petit pour le synthétiser avec des coûts gérables et suffisamment complexes pour tester la conception à une échelle génomique.
Les résultats, selon une publication des scientifiques eux-mêmes, indiquent que des séquences proposées par l'IA, plusieurs génomes ont été construits et, dans plusieurs cas, les particules reconstituées étaient viables, infectant et supprimant Escherichia coli.
Opportunités et risques
Cela montre qu'un modèle d'IA peut non seulement proposer des séquences avec une apparence cohérente, mais certaines de ces propositions fonctionnent dans le monde réel et sont vraiment efficaces. De plus, des dizaines de conceptions ont été testées et un nombre significatif a produit des outils actifs, confirmant la reproductibilité de la découverte en dehors du laboratoire qui l'a créée.
Référence
Conception générative de nouveaux bactériophages avec des modèles de langage du génome. Samuel H. King et al. Biorxiv (2025). Doi: https: //doi.org/10.1101/2025.09.12.675911
Les implications sont diverses: d'une part, de nouvelles routes sont ouvertes pour accélérer la création de thérapies spécifiques contre les bactéries résistantes aux antibiotiques et pour mieux comprendre l'architecture minimale nécessaire pour qu'un génome soit fonctionnel. Même avec des outils de conception plus puissants, les agents thérapeutiques « à la lettre » pouvaient être conçus, plus rapidement que par les méthodes traditionnelles.
D'un autre côté, la conception de génomes viables en dehors du cadre naturel augmente les dilemmes réglementaires et les risques potentiels d'une mauvaise utilisation, tels que les hackeos pour la création d'armes biologiques à fort impact. De bonnes doses de transparence, des contrôles stricts et des discussions publiques sur les limites de ces développements seront nécessaires, avant de normaliser ce type de technologies.
